到明末，东北边塞不止是女真与明廷的较量，还包括蒙古诸部的较量。当然，这时期的蒙古诸部还未完全统一，各方势力你方唱罢我方登场，交替坐大。
蒙古背景
到察哈尔的林丹汗即位，这时的现状是怎样呢？
1604年，12岁的林丹汗以长孙身份即位，成为察哈尔大汗，这时候他的威望和实力都很一般，蒙古诸部只是忌惮于其大宗地位，表面臣服，内心是各种算盘。
这个时期，努尔哈赤已经完成建州、东海女真大部分统一，只剩海西女真四部，实力空前强大。
但是对付海西女真，这时候他已经和蒙古扯上了关系，因为叶赫本身先祖来自土默特，和蒙古又有姻亲关系，所以收服叶赫时间花了很久。这是东边女真的情况。
蒙古此时达延汗时期的六个万户，已经剩不了几个了。林丹汗的察哈尔算一个，兀良哈已经被肢解，外喀尔喀几乎独立，内喀尔喀五部还在骚扰明边，鄂尔多斯也已经独自过日子，土默特被察哈尔收服，永谢的喀喇沁也在小打小闹。
综上，到此刻还有实力并且存在犯边的只剩察哈尔、内喀尔喀五部、喀喇沁三个部分，外加科尔沁，就四部。
内喀尔喀五部，和尔朔齐的几个年纪大的儿子纷纷过世，只剩第五子炒花是辈分最高的，其他几部子侄继位，尊炒花为头领。
炒花基于同宗，同时慑于察哈尔部实力威胁，开始逐渐臣服于林丹，在1615年的察哈尔对明的联合军事行动中，就有炒花的身影。
各部与后金矛盾
林丹汗继承汗位之后，采取的措施大抵上和他的祖先达延汗类似，即兼并各部，让自己嫡系接手首领位置，这种造成了很多负面影响。
原因有三个：
一是此时已经不是达延汗那种外部环境，东边的女真强大，兼并各部引起恐慌，等于把自己人推向敌人怀抱；
二是林丹汗的兼并措施，并不是完全的实力碾压，此时，至少对于喀尔喀这些实力强悍的部落，很难绝对碾压，所以强制收割引起对抗、内耗；
三是林丹汗手下一些人本来就不太正直，兼并过程尽谋私利，比如林丹手下抢兀鲁特明安台吉的女人，最终也导致他逃向后金。
科尔沁在看到这些情况，立即在天命十一年选择和努尔哈赤结盟，并且促成大量联姻，通过婚姻关系稳固后方，这时候包括后来皇太极的老婆哲哲也到了后金。
而且，科尔沁不止是停留在盟约，每每后金军事行动，科尔沁几乎都随军参与，表现得非常忠臣。
内喀尔喀五部在炒花死后，本身堂兄弟关系就不紧密，对外政策也摇摆不定，一会儿帮这个一会儿帮那个。导致努尔哈赤在宁远之战失败后，怨恨内喀尔喀阴助明朝，第二次讨伐内喀尔喀，内喀尔喀被打得落花流水。
炒花率部西逃，林丹汗严厉责备卓里克图对自己不忠以及内喀尔喀在明朝和后金之间朝秦暮楚之事，并趁机合并了他的余部，至此内喀尔喀五部之一的乌济叶特不复存在。
皇太极继位之后，内喀尔喀各部以扎鲁特为首，又开始与后金作对。皇太极再次出兵征服，林丹汗再度趁火打劫，攻击内喀尔喀残部，服从者进行安抚，抗拒者被杀。内喀尔喀已经只剩巴林部和扎鲁特部，没了往日雄风。
喀喇沁部，在恩克之后也逐渐走向务实，选择向后金低头臣服，没有选择对抗。只是没像科尔沁那样联姻频繁，关系那般紧密。
1628年挡在后金与喀喇沁的多罗特部被后金迅速击溃，皇太极立即遣使要喀喇沁部速派人商议同盟之事。自此，后金最终扫清了蒙古在辽东的残余势力。
察哈尔的灭亡
察哈尔在兼并各部的同时，是努尔哈赤、皇太极两代人的不断挖角。林丹汗几次正面硬刚打不过后金，只得规避锋芒，选择西迁。可是皇太极并未等起稳固下来，就已经派兵征服了他，林丹汗再次远遁青海。
亡命青海的过程中，林丹汗收拾残部，积极拉拢，藏巴汗等利用宗教组织联盟，试图再次崛起。
但是很不幸，他们遇到天灾人祸，严重缺粮，部众几近杀人而食，部下纷纷逃亡后金等地方。
同时，为了解决粮食问题，五次劫掠明边，造成外部环境树敌过多，同时对后金、明廷开战，消耗过大，最终他自己也因天花去世。
林丹汗病故后，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒，基于同宗，致函额哲，希望他移帐漠北。
林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲率领余部自青海大草滩返回河套地区，但是还在纠结之际，就被皇太极大军俘获，察哈尔彻底灭亡。
至此，后金统一了察哈尔、漠南和辽东蒙古，以及科尔沁，漠北七部、鄂尔多斯和瓦剌四部仍然维持。
